Saint-Justin ne compte pas moins de 4 églises, dont trois, situées dans des quartiers périphériques – celles d’Argelouse, de Saint-Martin-de-Noët et de Saint-Sernin de Douzevielle – sont inscrites à l’Inventaire supplémentaire des Monuments Historiques.
La quatrième église, dédiée à saint André, est celle de l’agglomération principale, qui s’est développée à la suite de la fondation en 1280 d’une bastide par Constance, vicomtesse de Béarn, et par le commandeur du couvent d’Hospitaliers de Corbin. C’est à cette bastide qu’a certainement appartenu le noyau originel de l’édifice, qui, comme souvent dans ce type de fondation, se réduisait au simple volume rectangulaire correspondant aujourd’hui aux deux travées les plus orientales de la nef. Dans ce premier état, l’église n’était bien évidemment couverte que d’une charpente.
Comme beaucoup d’autres églises de bastide, cet édifice très simple a été agrandi, embelli et transformé, après la fin de la Guerre de Cent Ans, par plusieurs campagnes de travaux qui ont dû se poursuivre durant la fin du XVe et une partie du XVIe siècle. Il a ainsi été prolongé à l’ouest de deux travées supplémentaires, et l’ensemble a reçu des voûtes d’ogives au profil caractéristique.
Vers la même époque, l’ancienne travée occidentale, devenue la travée centrale, a été flanquée au nord d’une chapelle couverte d’une voûte à liernes et tiercerons. Enfin, dans les années 1854-1860, l’édifice, qui s’était dégradé, a été restauré, mais aussi complété : après avoir consolidé des parties défaillantes, on a alors doté l’église d’un chevet « gothique » à trois pans, construit un nouveau clocher flanqué de deux tourelles d’escalier, et édifié au sud de la nef un collatéral composé d’un petit chevet et de trois travées inégales.
L’insuffisance d’entretien au cours du siècle dernier avait entraîné de graves dégradations, auxquelles la commune a décidé de remédier en 1999.